Se han identificado hasta tres estadios culturales o ciudades de las que actualmente se ha conservado y es claramente visible la última de ellas. El origen de la Ciudad I, de la que apenas se conservan restos, se relaciona con la llegada de gentes de cultura hallstáttica, de clara filiación indoeuroea y se extendería desde el siglo VII a.C. hasta la segunda guerra púnica (218 a.C.). Con esta primera etapa se vincula una extensa necrópolis de túmulos situada al pie del cabezo. La ciudad II se construyó sobre la ciudad anterior con un esquema urbanístico distinto en un momento de plena iberización extendiéndose a lo largo de la acrópolis y rodeada de un recinto amurallado con acceso por la vertiente sur del que se conserva el anillo superior. La ciudad III, visible en la actualidad, se edificó sobre las ruinas de la anterior y su urbanismo está claramente sometido a influencias itálicas como demuestran la presencia de un templo «in antis» de planta clásica, un edificio termal, viviendas domésticas de atrio central y otros importantes hallazgos muebles como restos de un grupo escultórico en bronce. La ciudad sufrió una violenta destrucción tras un terrible asedio durante las guerras sertorianas, en algún momento comprendido entre los años 80 y 76 a.C.
El Cabezo de Alcalá, descubierto a finales del siglo XIX, constituye uno de los yacimientos arqueológicos de época íbero-romana más importantes de España. A los primeros trabajos de Pablo Gil y Gil sucederían las excavaciones y estudios de conocidos investigadores como Juan Cabré, Antonio Beltrán y, en las últimas décadas, Miguel Beltrán Lloris.
